Au collège Kunugigaoka, la classe 3-E est un peu particulière. Elle n'est composée que d'assassins. Et pour cause, ces élèves très spéciaux ont pour but d'assassiner leur professeur avant la fin de l'année, date à laquelle ce dernier a prévu de détruire notre planète... Et quand on sait qu'il a réduit la Lune à un simple croissant, on ne peut que le croire !

Grâce au travail d’observation effectué par Nagisa, Sugino connaît à présent la routine du Pr Koro. Ancien membre de l'équipe de base-ball, le jeune homme va donc en profiter pour tenter de l’assassiner avec une balle remplie de billes anti-prof... Mais le Pr Koro n'est pas du genre à se laisser berner si facilement...

Karma Akabane est un élève qui s'est fait renvoyer du collège de Kunugigaoka à cause de ses problèmes de violence. Alors que sa période de renvoi prend fin, il réintègre l'école dans la classe E, où il va pouvoir assouvir son envie de tuer un professeur...

Les partiels approchent et le Professeur Koro est déterminé à améliorer les notes de la classe E. En effet, ceux de ses élèves qui parviendront à se classer parmi les 50 meilleurs de leur année auront la possibilité de quitter la classe dite des « épaves ». Mais le Proviseur ne l’entend pas de cette oreille.