Peter Parker alias Spider-man nous présente les deux univers dans lesquels il évolue. Le lycée de Midtown, où il retrouve ses amis MJ et Harry ainsi malheureusement que cette grosse brute de Flash Thompson...et les rues de New York où Spider-man a fort à faire pour contrer les agissements des super-vilains. Suite à une de ses interventions mouvementées, Spider-man rencontre Nick Fury, le directeur du Shield, le bureau des super-espions. Nick propose à Spider-man d'intégrer le Shield pour bénéficier d'un entrainement et de technologies qui feront de lui un meilleur super-héros : Ultimate Spider-man.

Spider-man, Poing d'acier, Tigre Blanc, Power Man et Nova entament leur période d'entrainement au sein du Shield. Les relations sont particulièrement tendues entre Spide-rman et Nova. Le directeur du Shield, Nick Fury, ne confiera aucune mission aux novices tant qu'ils ne seront pas décidés à former une équipe digne de ce nom. Pour prouver de quoi ils sont capables, ceux-ci partent capturer le plus grand ennemi du Shield : le docteur Fatalis. Mais à leur retour, il s'avère qu'ils n'ont capturé que des robots-gigognes qui se dispersent pour mieux détruire l'Héliporteur. Au moment où l'un d'eux menace de s'attaquer au coeur du réacteur, les Ultimates font enfin équipe et parviennent à sauver le vaisseau.

Le docteur Octopus prélève l’Adn de Spider-man pour créer une armée dotée de supers pouvoirs. Harry est vexé de voir que Peter a de nouveaux amis, en l’occurrence l’équipe de super-héros avec qui il travaille.

Spider-Man rencontre Stark, alias Iron Man, son idole. Celui-ci décide, contre l'avis de Fury, de le prendre sous son aile et de lui fabriquer une armure censée décupler ses aptitudes. Mais Spider-Man a du mal à en maitriser le fonctionnement, ce qui agace ses coéquipiers aux prises avec Le Laser Vivant. Ce dernier parvient à s'infiltrer dans l'armure d'Iron Man, qu'il a mis K.O. Son objectif est de s'emparer des Usines Stark. Heureusement, Spider-Man parvient in extremis à réveiller Iron Man et ensemble ils mettent le Laser Vivant hors d'état de nuire.

Le docteur Octopus charge Taskmaster de kidnapper Spider-man. Taskmaster se fait er pour le nouveau professeur de gym du lycée, afin de démasquer le super-héros.