La Caserne 51 intervient sur le terrible incendie d’un entrepôt qui a fait 39 morts. La Police se lance dans une chasse à l’homme pour arrêter le suspect. Une fois en garde à vue pour incendie volontaire et multiples meurtres, c’est au tour de Peter Stone (Philip Winchester) et de son équipe, incluant son enquêteur principal, Antonio Dawson (Jon Seda) d’apporter un peu d’apaisement aux nombreux proches des victimes. Lorsque l’équipe du Bureau du Procureur se retrouve face à un avocat de haut vol (Bradley Whitford), elle doit affronter un faux témoignage, des pièces à conviction douteuses et un mobile discutable. L’avocat de haut vol du principal suspect dans une affaire d’incendie volontaire est prêt à tous les coups pour faire acquitter son client ce qui donne du fil à retordre à Stone et Valdez.

Stone (Philip Winchester) et l’équipe du Bureau du Procureur enquêtent sur les évènements ayant menés à l’arrestation et la mort d’un jeune homme, ce qui les contraints à poursuivre des policiers, des pompiers et des membres du personnel médical pour que le Grand Jury, récalcitrant, ne retiennent finalement qu’un seul suspect : le Lieutenant Kevin Atwater ( LaRoyce Hawkins). Paul Robinette (Richard Brooks, reprenant son rôle dans Law & Order) est chargé de le défendre.

Un brillant doctorant musulman est violemment assassiné, Stone (Philip Winchester) et l’équipe du Bureau du Procureur arrêtent son ami, un autre doctorant musulman qui prétend l’avoir tué pour l’empêcher de commettre une attaque terroriste. Le jury doit décider si c’est un tueur ou un héros.

Quand un éminent juge (Douglas Sills) est tué par balle en sortant d’un bar avec Valdez (Monica Barbaro), l’intégrité de cette dernière est mise en cause et Stone (Philip Winchester) lui interdit de travailler sur l’affaire. Mais l’équipe découvre que la mort du juge est liée à un procès au cours duquel il a accordé une sentence clémente à l’auteur d’un viol dans une université.

Un homme est retrouvé poignardé à mort chez lui. Nagel (Joelle Carter) et Antonio (Jon Seda) découvrent que c’est un vétéran de la Marine qui était en train d’écrire un livre contenant des révélations à propos d’une mission top-secrète. Stone (Philip Winchester) est convaincu qu’il a été tué pour étouffer la raison qui a conduit à l’échec de la mission mais le Ministère de la Justice intervient et déclare tous les éléments de l’enquête top-secrets également ce qui compromet le travail de Stone. Il finit par défier Jefferies (Carl Weathers) en utilisant une preuve secrète. Cela va-t-il lui coûter son travail ?

A cinquante kilomètres de Chicago, le corps rongé par le cancer du Lieutenant Tim Cody est retrouvé mort dans une baignoire. A première vue il s’agit d’un suicide mais quand Antonio (Jon Seda) et Nagel (Joelle Carter) arrivent sur les lieux, ils concluent rapidement à un meurtre. L’enquête les mène à un vieil ennemi de Stone (Philip Winchester) qui doit créer une nouvelle loi pour le faire condamner.