L'USS Colorado reçoit, par un canal secondaire inhabituel, l'ordre de lancer un missile nucléaire sur le Pakistan. Le capitaine Marcus Chaplin questionne la légitimité de l'ordre, réclamant une confirmation par les voies de communications classiques. Il est alors relevé de son commandement. Pourtant son second, Sam Kendal, suit son exemple, et refuse d'exécuter l'ordre.

L'état-major de Washington teste le périmètre de défense autour de l'île de Sainte Marina, instauré par le commandant Chaplin. Ce dernier active alors le Perseus, un prototype qui permet de dissimuler le sous-marin aux radars. Une équipe d'intervention est parachutée sur l'île. Pendant ce temps, à Washington, Christine, la femme de Sam, fait l'objet de pressions de la part du gouvernement.

L'équipage du Colorado est à la recherche de ses trois marins portés disparus. Avec l'assistance de Sophie, Marcus rencontre Serrat qui lui demande d'aller chercher une livraison en pleine mer en échange de ses captifs.

Le secrétaire d'État à la Défense, William Curry, se rend sur l'île pour négocier avec Marcus Chaplin. L'amiral Shepard, le père de Grace, fait partie de la délégation. Cependant, au lieu de pousser son vieil ami à se rendre, il l'incite à résister. Pendant ce temps, l'équipage doit réparer la barrière de sonars qui protège l'île d'éventuels tirs de sous-marins.

Les habitants de l'île et les membres de l'équipage sont victimes d'hallucinations et de troubles de l'orientation, après avoir ingéré une drogue qui a été déposée dans les réserves d'eau courante. Certains vont jusqu'à perdre totalement conscience et les effets se font sentir plus de huit heures.