Depuis trente-sept mille ans, un virus mortel était enselevi dans une grotte au Texas. Aujourd'hui, ce fléau refait surface, et sa découverte pourrait signifier la fin de l'humanité. Après la destruction terroriste d'un immeuble fédéral à Dallas, les agents du FBI Fox Mulder et Dana Scully découvrent les indices d'un complot mondial.