Neuf mois après l'explosion du laboratoire, Barry se réveille de son long coma. Bien des choses ont changé autour de lui, et en lui. Barry a notamment acquis le pouvoir de se déplacer à une rapidité stupéfiante...

Barry accompagne Iris à une remise de prix universitaire. La cérémonie est interrompue par l'irruption de six inconnus armés jusqu'aux dents. A la vitesse de l'éclair, Barry tente de les mettre hors d'état de nuire, mais le temps qu'il s'arrête pour secourir une victime, les assassins se sont éclipsés...

Barry et toute l'équipe du laboratoire tentent d'arrêter Kyle Nimbus, un redoutable méta-humain capable de se transformer en gaz toxiques. Ils revivent la nuit de l'explosion de l'accélérateur de particules et se souviennent de la mort du fiancé de Caitlin, Ronnie. De leur côté, Iris et Eddie continuent de dissimuler leur relation à Joe...

Barry réussit à intervenir sur un braquage. Mais il préfère porter secours au gardien, blessé, plutôt que de courir après les malfaiteurs, qui réussissent à prendre la fuite. Barry consulte une liste de suspects et parvient à identifier le chef du gang, Leonard Snart. L'homme serait à la recherche d'un fabuleux diamant...

Après une explosion criminelle en ville, l'armée prend les choses en main, à la grande surprise de Joe. Ce dernier suggère à Barry et ses amis de S.T.A.R. Labs de s'intéresser de plus près à l'implication des militaires dans cette affaire. Eiling tente, en fait, de faire de ses hommes des super-soldats...

Flash combat un nouveau méta-humain, Tony, qui peut transformer son corps en acier. Barry découvre que Tony est le garçon qui le tyrannisait à l'école où Iris et lui-même étaient scolarisés. Tony rend visite à Iris pour lui parler de l'article qu'elle a écrit sur Flash. Il l'enlève. Flash intervient...

Barry a décidé de régler son compte à Farooq, un méta-humain capable de maîtriser l'électricité. Mais c'est Farooq qui siphonne toute l'énergie de Flash et le laisse sans forces. Le docteur Wells, Caitlin et Cisco tentent de trouver un moyen de rendre ses pouvoirs à Barry. C'est alors que surgit Farroq...

Oliver Queen et les siens arrivent à Central City pour glaner des informations sur un mystérieux boomerang. Cependant, l'Archer et son équipe vont profiter de leur séjour pour aider Barry à arrêter un nouveau méta-humain, Rainbow Raider. Celui-ci peut faire ressortir la colère de ceux qu'il regarde...

La relation entre Iris et Eddie franchit une étape capitale puisqu'ils décident d'emménager ensemble. Barry retrouve enfin son rival, Le Rayon jaune, qui a tué sa mère et fait croire à la culpabilité de son père. Il l'affronte, mais ne peut rien contre lui. Un soupçon pèse sur l'équipe : il y aurait un traître...

Barry s'entraîne pour améliorer sa vitesse dans l'optique d'un ultime affrontement avec L'Homme en jaune. Pendant ce temps, Iris prépare son emménagement avec Eddie. Parallèlement, une vieille connaissance, Leonard Snart, alias Captain Glaçons, est de retour, avec l'aide d'un nouveau venu, Heat Wave. Snart et Mick cherchent à affronter Flash...

Hartley, un ancien collaborateur du docteur Wells, refait surface. Il lui en veut et menace de révéler l'un de ses secrets : Welles était au courant du risque potentiel d'explosion de l'accélérateur, celui-là même qui a fait voler en éclats le S.T.A.R. Labs. Hartley est arrêté par l'équipe et enfermé...

Cisco continue à chercher Ronnie. Il libère Hartley pour qu'il l'aide dans sa quête. Mais Hartley profite de l'occasion pour s'échapper du laboratoire. Utilisant son don de téléportation, Shawna réussit à faire sortir de prison son petit ami, Clay. Mais celui-ci refuse de quitter la ville avec elle avant d'avoir remboursé l'argent qu'il doit à Marcus Stockheimer...

Barry noue une relation avec Linda, ce qu'Iris ne voit pas d'un très bon oeil. Joe va trouver Cisco : il aimerait reprendre les investigations sur la mort de Nora Allen. Ensemble, les deux hommes réexaminent la maison où la mère de Barry a été tuée. Comme West s'y attendait, il découvrent de nouveaux indices...

L'explosion nucléaire a séparé Ronnie et le professeur Stein, que Barry et son équipe pensent désormais tous les deux hors de danger. Mais des restes de la fusion semblent subsister, et la connexion entre les deux hommes s'accroît avec le temps. Le général Eiling enlève le professeur Stein...

Iris semble avoir des sentiments pour Barry, ce que lui reprochent Linda et Eddie. Mark Mardon revient pour venger son frère, mort à cause de Joe West. Cisco doute de l'innocence du docteur Wells dans l'affaire de la disparition de Stagg, mais aussi dans celle de la mort de la mère de Barry...

Barry se rend compte qu'il est remonté dans le temps. Le docteur Wells lui déconseille de tenter de modifier l'avenir, sans quoi il y aurait de graves conséquences. Néanmoins, Barry l'ignore et décide de capturer Mardon afin d'éviter les catastrophes qu'il a déjà vécues. Cisco tombe dans un piège...

Les habitants de Central City sont terrorisés par un psychopathe qui a fait exploser plusieurs bombes dans la ville. Le criminel, qui se fait appeler le Trickster, copie le mode opératoire de James Jesse, un tueur fou qui croupit dans la prison d'Iron Heights depuis vingt ans. Pour arrêter son imitateur, Barry et Joe savent qu'ils ont besoin de l'aide de Jesse...

Barry a la surprise de voir arriver Felicity Smoak et Ray Palmer, son petit ami, au laboratoire S.T.A.R. Les trois justiciers sont contraints d'intervenir lorsque Brie Larvin, une méta-humaine, lâche des centaine d'abeilles robotisées sur Central City. Les insectes attaquent les anciens collègues de Larvin...

Joe et Cisco se rendent à Starling City pour y poursuivre leur enquête sur le docteur Wells. Une fois sur place, ils demandent à Quentin Lance de les aider. Pendant ce temps, à Central City, Barry tente d'arrêter Hannibal Bates, un méta-humain capable de prendre l'apparence de n'importe qui après un simple physique...

Dans le Cortex, Barry, Cisco et Caitlin en apprennent un plus sur le Négatif de Flash. Celui-ci revient du futur pour tuer Barry. L'équipe met en place un système pour pénétrer dans les rêves. Ce système leur permettrait d'obtenir les aveux du docteur Wells et de prouver son implication dans le meurtre de Nora Allen...

Barry tente de protéger un des membres de la Ligue des menaces du docteur Wells. Mais le Reverse Flash ne s'arrête pas là : il lâche Grodd sur la ville afin de détourner l'attention de Barry et de l'équipe. Sa stratégie est payante ; les Justiciers se précipitent dans les égouts à la poursuite du gorille...

L'équipe retrouve finalement Eddie, découvrant par la même occasion que Wells a redémarré l'accélérateur de particules. Barry décide de transférer les prisonniers du Star Lab hors de la ville. Il demande à Cold de l'aider, bien que Joe et Caitlin tentent de le convaincre qu'il ne peut pas lui faire confiance...

Barry se retrouve face à un dilemme : s'il remonte le temps pour sauver sa mère, il perdra toutes les personnes qu'il connaît aujourd'hui et changera complètement le cours de sa vie. Il décide de retourner dans le é, mais finit par ne rien changer au cours de l'histoire. Quant à Eddie, il se donne la mort afin que son descendant ne voie pas le jour...